Tahap pengkodean bahasa pemrograman atau yang sering disebut dengan koding merupakan tahap yang paling sulit dan memakan banyak waktu. Koding atau scripting merupakan penulisan bahasa pemrograman berdasarkan desain website yang telah dirancang sebelumnya. Pada aplikasi berbasis web coding dibagi menjadi dua, yaitu client side scripting dan server side scripting. Client side scripting dapat diartikan sebagai script yang berjalan disisi klien atau browser seperti javascript, CSS, (X)HTML, dan VBScript. Client side scripting akan menghasilkan website yang statis. Sedangkan server side scripting merupakan skript yang berjalan disisi server. Sebagai contoh, PHP, ASP, JSP, dan Perl yang dapat menghasilkan website yang dinamis.
Untuk dapat membangun sebuah website kita tidak ditutut untuk dapat menguasi semua bahasa pemrograman diatas, namun kita dapat memilih beberapa bahasa pemrograman yang disesuaikan dengan server tempat sebuah website akan diletakkan. Sebagai contoh sebuah server yang diinstal dengan sistem operasi linux dengan apache sebagai web servernya maka bahasa pemrograman PHP merupakan pilihan yang tepat. Dengan didukung (x)HTML, javascript dan CSS serta Mysql sebagai basis datanya akan menjadikan website yang dibangun cukup powerfull.
Dalam proses pengkodean seorang programer web dapat mengunakan beberapa software untuk memudahkan proses pengkodean seperti dreamweaver, Notepad++, taxtmate dll.